Si parla di "rami attivi" quando i fenomeni di erosione e corrosione sono nel vivo della loro azione e le gallerie sono percorse da grandi flussi d'acqua. Si parla invece di "rami fossili" quando l'acqua diventa un lieve stillicidio e inizia il concrezionamento. Quando infine l'acqua abbandona del tutto una cavità si entra nella fase "senile", con il riempimento da parte dei sedimenti. Le grotte possono anche morire per crollo, franando interamente. Ma intendiamoci, si parla di morte in tempi geologici perché, ragionando su una scala temporale umana, le grotte sono molto stabili: le gallerie che percorriamo sono in piedi da migliaia (o milioni) di anni e hanno resistito ad una infinità di terremoti. Tra le principali cause di morte delle grotte - o comunque di arresto del loro naturale processo di sviluppo - c'è sicuramente il "fattore uomo": cave, discariche, carcasse di animali, sversamenti di liquami e pesanti attrezzature turistiche possono finire per distruggere completamente una cavità. Troppo a lungo l'uomo ha considerato gli ingressi delle grotte come pozzi neri dove gettare ogni sorta di rifiuto, veri e propri luoghi di "rimozione mentale". Ma i sistemi ipogei sono dei circuiti chiusi; le grotte sono sincere e oneste: restituiscono dalle risorgenze tutto quello che viene immesso negli inghiottitoi. È solo questione di tempo.

Solo di recente si è cominciato a parlare di "ecologia speleologica". Il crescente inquinamento ambientale esterno rischia infatti di minare i delicati meccanismi di sopravvivenza degli acquiferi carsici sotterranei: serbatoi naturali, estremamente vulnerabili, che sin dall'antichità hanno regalato agli uomini grandi quantità di acqua potabile. Basti considerare che attualmente oltre metà delle acque potabili in Italia (la quasi totalità nelle regioni del Centro Sud) provengono da sorgenti carsiche. Una percentuale destinata a crescere perché le acque estratte con pozzi dai terreni alluvionali stanno diventando troppo inquinate. Il mondo ipogeo è un sistema complesso, che si fonda su un perfetto equilibrio microclimatico con particolari condizioni di ossigeno e temperatura; ha inoltre una grande importanza come nicchia ecologica ricca di biodiversità. Chiuso in sé - cioé lontano dall'azione distruttiva dell'uomo - può sopravvivere per milioni di anni, ma appena viene attaccato mostra tutta la sua debolezza. I principali inquinanti sono l'ignoranza e la sottovalutazione che possono provocare distruzioni e contaminazioni più o meno irreversibili: una semplice batteria elettrica abbandonata in grotta può arrivare ad uccidere ogni forma biologica, rendendo non potabili decine di migliaia di metri cubi d'acqua. L'imperativo è non lasciare mai sottoterra alcun tipo di rifiuto.  

Anche l'attrezzatura turistica - spesso avviata con fini speculativi - può essere letale per una cavità. Lo scavo di ingressi artificiali provoca modificazioni microclimatiche, variando la circolazione dell'aria (e alterando la vita degli animali che vi abitano); l'illuminazione artificiale avvia fenomeni degenerativi (calore e formazione di muschi e vegetali) e il massiccio afflusso di visitatori altera i valori della temperatura e dell'umidità. Il respiro di troppe persone, con il rilascio di anidride carbonica che rende le acque corrosive, può innescare la dissoluzione delle concrezioni.

La biospeleologia studia le forme, le condizioni e l'evoluzione della vita nell'ambiente ipogeo. Ambiente caratterizzato dalla totale assenza di luce solare e quindi in stretta dipendenza dall'esterno: per questo il mondo sotterraneo è privo di piante e di organismi vegetariani (legati cioé al ciclo della clorofilla). Da fuori però, grazie soprattutto ai corsi d'acqua, vengono immesse nel sottosuolo notevoli quantità di materia organica. Qualche volta si tratta di esseri vivi (animali invertebrati, spore, pollini e limi ricchi di batteri e protozoi), ma in genere viene trascinata in grotta materia organica morta: detriti vegetali più o meno decomposti, guano, cadaveri di animali grandi e piccoli. Il materiale energetico che arriva dall'esterno può essere sfruttato solo da animali detritivori, che diventano però a loro volta cibo per altri predatori. Si possono poi citare i batteri (presenti nelle acque inquinate), i funghi e le muffe, che crescono come morbida ovatta su materiale organico in decomposizione. In verità l'ambiente sotterraneo più protetto, climaticamente stabile e biologicamente popolato non è quello che riesce a visitare l'uomo, ma quello del reticolo di micro-fessure impenetrabili.  

Vediamo chi abita nelle grotte. I troglosseni sono animali che vi arrivano per caso, trascinati dalle piene o precipitati dall'alto: il sottosuolo non è il luogo dove avrebbero preferito vivere, ma provano a tirare avanti. I troglofili, invece, utilizzano le caverne come rifugio temporaneo ma possono stare benissimo anche all'esterno: in questa categoria vi sono diversi mammiferi (tra cui i pipistrelli), ma anche uccelli e rettili. I veri inquilini del sottosuolo sono organismi molto specializzati detti troglobi.

Alcuni troglobi hanno antenati comuni con le attuali specie che vivono in superficie, ma su di loro ha agito l'evoluzione in ambienti confinati con la comparsa di mutazioni genetiche e la selezione degli organismi più adatti. A parte certi pesci ciechi della fascia intertropicale e alcuni anfibi - tra cui il Proteo, una sorta di salamandra rosa che vive quasi esclusivamente nei fiumi sotterranei del Carso - in maggioranza si tratta di invertebrati: planarie, anellidi, molluschi e soprattutto artropodi. Tra questi ultimi i più rappresentati nella fauna ipogea sono gli insetti (in particolare coleotteri), seguiti da crostacei (comuni i gamberetti Niphargus), diplopodi e aracnidi. Le caratteristiche comuni a questi abitanti di un mondo senza luce sono la scomparsa di accessori divenuti superflui o energeticamente dispendiosi: gli occhi, le ali, la pigmentazione o alcuni organi della respirazione (che avviene direttamente dalla pelle, delicata e porosa). In compenso il corpo di questi animaletti cavernicoli è cosparso di raffinatissimi e ultrasensibili organi sensoriali: un allungamento degli arti e delle appendici per procedere a tastoni. Altri caratteri - rallentamento del metabolismo, assenza di periodicità nei cicli riproduttivi, emissione di poche ma voluminose uova e alta longevità - fanno parte di strategie di sopravvivenza e di risparmio energetico in un ambiente "prevedibile".  

Molti degli organismi che vivono in grotta traggono le proprie origini da progenitori che, diverse ere geologiche fa, si sono pre-adattati poco per volta alle particolari condizioni ambientali con un grado di umidità molto elevato (come il suolo di ambienti forestali in zone ricche di precipitazioni) e con temperature relativamente basse. Le alterne vicissitudini climatiche (soprattutto i periodi più caldi e aridi) hanno spinto questi animali a popolare il sottosuolo, garante di stabilità. Una citazione a parte merita la piccola grotta Movile, scoperta alla fine degli anni '80 in Romania: al suo interno sono stati trovati ambienti pieni di strane forme di vita, nonostante il completo isolamento dall'esterno (durato circa cinque milioni di anni) e un ambiente corrosivo, povero di ossigeno e ricco di acido solfidrico (un gas costituito da zolfo e idrogeno). Si è scoperto che alla base di tutta quella vita c'erano dei batteri in grado di procurarsi energia compiendo una sintesi chimica a partire dall'acido solfidrico. La vita non ha limiti.

I pipistrelli sono il simbolo del mondo ipogeo nell'immaginario collettivo. Appartengono all'ordine dei chirotteri e sono il gruppo di mammiferi più numeroso dopo i roditori con oltre 950 specie diffuse in tutti i continenti. Sono animali "troglofili", cioé usano le grotte come luogo comodo e sicuro per svernare e riprodursi ma la loro vita si svolge fondamentalmente all'esterno. Per molto tempo sono stati vittime di superstizioni e paure vampiresche, tanto che nel Medioevo erano ritenuti messaggeri del demonio. Si tratta di credenze che non hanno fondamento: vi sono solo alcune specie sudamericane che succhiano il sangue da altri animali. Per il resto i pipistrelli sono assolutamente innocui e svolgono un'insostituibile funzione ecologica nutrendosi di insetti: catturano migliaia di prede ogni notte, arrivando a mangiare circa due chili di insetti in una stagione. È falsa anche la diceria che si attacchino ai capelli; passando in saloni popolati da grandi colonie con centinaia di pipistrelli, se non vi muoverete in modo inconsulto, sarete sempre accuratamente evitati.  

I pipistrelli sono adattati al volo grazie a una membrana alare detta "patagio", sottile, elastica, estesa tra le lunghissime dita. Conducono una vita notturna, cadono in letargo per cinque o sei mesi riducendo al minimo il metabolismo e si trasferiscono periodicamente dai rifugi invernali a quelli estivi migrando anche per diverse centinaia di chilometri. La loro arma vicente è un radar naturale con il quale sono in grado di individuare la distanza degli oggetti, evitando ogni ostacolo: emettono ultrasuoni e ne elaborano l'eco grazie ai padiglioni auricolari che fungono da doppia antenna ricevente. I pipistrelli hanno una memoria formidabile e possiedono una sorta di "mappa mentale" dello spazio in cui vivono alla quale fanno ricorso per risparmiare il radar. Sono inoltre piuttosto longevi, tanto che non pochi superano i 15 anni di età: è una compensazione della scarsa prolificità poiché da ogni coppia nasce un solo piccolo all'anno.  

In Italia esistono almeno 29 specie di pipistrelli, che non vivono però solo in grotta (una buona tana sono soffitte e alberi cavi). La progressiva distruzione degli habitat (disboscamenti e disturbo della quiete) e l'eccessivo uso di pesticidi in agricoltura - che, tramite la catena alimentare, finisce per avvelenarli - stanno portando diverse specie sull'orlo dell'estinzione. In loro difesa il WWF ha lanciato il progetto "Amici della notte" (un'opera di censimento e una campagna di sensibilizzazione nelle scuole e di ricostruzione dei rifugi); i pipistrelli, inoltre, sono protetti dalla legge (testo unico 1939, articolo 38). Nelle sempre più rare volte che vi capiterà di incontrarli cercate quindi di non disturbarli, in particolare nei periodi di riproduzione e letargo. Nel lungo digiuno invernale sopravvivono consumando le riserve accumulate in estate e un forte disturbo può essere fatale. Ricordiamoci che la grotta è casa loro e noi siamo ospiti.